Las empresas manufactureras de alimentos nuevas en la inocuidad alimentaria o aquellas con sistemas de inocuidad alimentaria subdesarrollados serán guiadas a través de una exploración de siete programas fundacionales que, junto con su plan de inocuidad alimentaria, conforman el Código Fundamental de SQF. Estos siete programas fundacionales son:
No se requiere completar una clase HACCP o PCQI, pero es muy recomendable.